L’île où se déroule notre histoire, South Island, est une mine inépuisable de vestiges anciens et de pierres précieuses.
On raconte même qu’il s’agit de l’île où sommeillent les légendaires Chaos Emerald. Les Chaos Emerald sont faites d’une matière spéciale qui procure de l’énergie à chacun des êtres vivants. En l’occurrence, par un procédé scientifique, cette énergie peut même être utilisée comme arme nucléaire ou arme LASER. Toutefois, personne ne sait comment mettre la main sur les émeraudes en question.
Cette South Island est une île ambulante, elle bouge grâce aux Chaos Emerald présentes au sein de cavités formées sur l’île.

Un jour, un danger menaça l’île. En effet, le docteur Eggman et son engeance y débarquèrent.
« Hmm… Je m’emparerai des Chaos Emerald à tout prix même si je dois retourner cette île sans dessus dessous pour ça. »
Le docteur Eggman construisit alors une gigantesque forteresse dans un coin de l’île et se lança dans l’exploitation de celle-ci.

« Fichu Eggman. N’a-t-il donc aucun scrupules!? »
Sonic, qui avait eu vent des rumeurs, accourut. Pour lui, se moquer du docteur Eggman est chose courante. Jusqu’à présent, il a tenu en échec admirablement chacun des ses plans. Le docteur Eggman considère donc Sonic comme son ennemi juré alors que du point de vue de Sonic, le docteur ne fait pas le poids.
Pourtant, hé bien… Il y a quelque chose qui cloche.
« Tu as remarqué Sonic! Cette fois-ci la roue tourne. J’ai transformé les animaux de l’île en robot. »
« Mes… mes amis ! »
« Ils agissent tous selon ma volonté. En clair, l’île toute entière est contre toi. Mouha ha ha ha… Gwoho ho ho… Cette fois, oui cette fois-ci, le monde entier sera à moi. »
L’heure est grave! Va! Sonic the Hedgehog.
Tous attendent ton aide.